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SNP分型服务单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,通常广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因的研 究等,在药物基因组学、分子诊断学和生物医学研究中起着重要作用。 MDL提供的SNP分型服务,采用TaqMan探针法(定量RCR)进行SNP检测,客户根据自己需求挑选出自身需要的SNP后,提交给我们进行引物与探针设计与合成。通过进行样品基因组DNA抽提,并进行定量PCR检测,帮您轻松完成大量样品的检测与分析。 TaqMan实验原理: 针对染色体上的不同的SNP位点分别设计1对PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增,该探针的5’端和3’端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中有PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光,通常用于少量SNP位点分析。 TaqMan实验流程: 1、 抽提DNA 2、引物/TaqMan探针设计与合成 3、定量PCR 4、测序 5、统计与分析 技术特点 ★适合位点数量少,样本通量高的检测(每个位点需要合成两条探针,探针合成费用高)。 ★应用定量PCR仪进行定量检测。 ★操作简便,只需一步 PCR 反应 ★结果清晰直观 ★可采用ABI合成的探针或国产探针 ★两个SNP位点之间太近或者SNP序列附近有特殊结构,设计不出来探针。 送样要求 1、组织样本:-20℃或-80℃低温冰箱中保存,液氮或者干冰运输;市内或短途运输可冰袋运输。若提供的材料为新鲜组织、血液细胞等生物材料,请提供足够提取2ug以上基因DNA的材料量。 2、DNA样本:体积≥50ul,浓度≥50ng/ul,DNA总量≥2ug,纯度 OD260/280 在1.7~1.9之间,不含PCR抑制剂,须注明准确浓度。样品须低温冰袋运输。 3、血液样本:要求保存于抗凝管中或冻存管中,体积大于2ml,请用干冰运送,保证DNA不降解。 4、样品为石蜡包埋组织切片的,要求提供10张组织切片光片(面积>10mm×10mm,厚度约5-10um)。 服务说明 1、需要提供的材料包括:组织、细胞、血液等样品材料或纯化好的DNA。 2、需要提供目的SNP位点的rs号或该位点上下游各200bp的序列以及突变的类型。 3、某些SNP由于上下游序列中含有其他SNP位点或特殊结构,无法采用TaqMan探针方法检测,遇到这种情况我们会在初期进行分析后通知客户选择其他方式。 实验结果 1、提供实验条件,包括引物和探针序列、试剂名称、仪器型号和操作步骤等。 2、提供各样本、各SNP位点聚类图和分型表。 3、可以提供部分原始数据图谱。 上一篇RACE下一篇微卫星(STR/SSR)分析服务 |