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FlowJo流式数据分析基础——常见术语

FlowJo是美国斯坦福大学Leonard Herzenberg(FACS机器的发明者)实验室在90年代研发的一款流式数据分析软件。FlowJo由于功能强大,简单易用,已经被领域内的科学家、实验室广泛引用;同时FlowJo也是各高影响力核心期刊引用最多的流式数据分析软件。但是在使用FlowJo进行流式数据分析的时候,有些术语的含义非常常见,但是其具体含义又是什么呢?在这里简单做一些总结,总结一些常见术语,供大家参考。

1.参数图

1.1一维直方图Histogram

每一个细胞单参数的测量数据可以整理成统计分布,以直方图的方式来显示。在图中,横坐标表示荧光信号或散射光信号相对强度的值,其单位是道数,可以是线形(line)或者对数(log)。纵坐标一般是细胞数(count)。

FlowJoFlowJo

1.2二维散点图Dot Plot

在二维图的中,横坐标/纵坐标都表示荧光信号或散射光信号相对强度的值,可以是线形(line)或者对数(log)。双参数图可以将样品细胞群分开,常用来分析多参数数据。

FlowJo

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1.3其它参数图

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Density(密度图)                           Contour(等高线图)

2. 门“Gate”:

2.1门的形式:

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区域(region,R)                             标记(Marker)                                “十”字形(Quant)

2.2 定义“门”的方法(Gates)

(1)门的3种组合:and; or; not(eg.Gate4=Gate1 or Gate2 or Gate3)

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(2)Convert Marker To Gate(eg.M1=Gate 5)

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(3)Convert Quads To Gates

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3. 数据统计

统计方式:百分比(%)&荧光强度(MFI)

(1)百分比(%):一种细胞占样本中所有细胞的比例

FlowJo

(2)荧光强度(MFI):Median=164.74所对应的值跟细胞表面受体个数正相关。

Mean:平均荧光强度;Median:荧光强度的中位数;Mode:众数,是一组数据中出现次数最多的数值;Geometric mean:几何平均数,是指n个观察值连乘积的n次方根,计算公式为: 

FlowJo

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4. 叠加

4.1 峰图叠加(Overlay)

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方式一                                方式二

4.2 点图叠加(Overlay)

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5.拟合

5.1 模拟分析——细胞增殖

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5.2模拟分析——细胞周期

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5.3 剂量效应

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