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聊聊使用MEGA软件的方法和步骤，构建不同类型的序列进化树！系统进化树可以直观的表示不同物种DNA或蛋白质的分子进化关系,在文献中常常见到,如:
进化树的构建最常用的是MEGA软件。以下就简单的介绍使用MEGA软件的进化树构建方法和步骤。 MEGA软件全名为:Molecular Evolutionary Genetics Analys,可以直接在官网下载,网址是:https://www.megasoftware.net/。 1.安装软件后,将进化树中需要的的全部序列编为一个FASTA格式文件,打开软件,在界面中选择Align下的Edit/Build Alignment键,导入准备好的FASTA格式文件:
2.在新出现的Aligment界面选择Aligment-Aligment by ClustaIW,进行序列比对,可以选择默认的参数。
3.使用Edit/delete功能将比对完毕的序列裁剪为同样的长短。
4.将最终的比对结果保存为MEGA格式的文件。
5.在主界面中打开保存的MEGA格式文件,选择PHYLOGENY,根据实际选择系统进化树的构建方法,一般选择Neighbor-Joining或者Maximum Likelihood。
6.一般不用更改参数,结果如下:
7.也可以选择不同的进化树形式,如环形
8.斜线:
9.弧线:
这些不同类型的进化树大家可以自己尝试。 |
